设管理科室6个，业务科室18个及工会、妇委会、团委3个群团组织。
管理科室：办公室（网络信息中心）、人事科（科研教育科）、财务科、业务管理科（应急管理办公室）总务与安全保卫科、设备与物资管理科（生物制品管理办公室）。
业务科室：病毒性传染病预防控制所、细菌性传染病预防控制所、免疫预防管理所、艾滋病防制所、慢性非传染性疾病防制所、地方病与寄生虫病防制所、食品与营养所、环境卫生监测评价所、职业卫生监测评价所、辐射防护安全所、学校卫生所、消毒与病媒生物防制所、理化检验所、健康教育所、质量管理科、农村与社区公共卫生指导所、预防医学研究室、消杀服务站。
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