中心设置管理科室6个，分别为办公室（网络信息中心）、人事科（科研教育科）、财务科、业务管理科（应急管理办公室）总务与安全保卫科、设备与物资管理科（生物制品管理办公室）。

一、办公室（网络信息中心）。承担中心日常工作的综合协调和管理服务，承担文电、会务、机要、保密、信息、档案、信访、应急、值班、车辆管理、图书期刊等工作；承担应用信息系统的设计和运行维护工作，承担网络信息技术服务、健康大数据技术支持等协调管理工作。

二、人事科（科研教育科、党群工作科）。承担中心机构编制和人事管理工作，承担干部考录、选拔任用、奖惩、调配、培训、考核、档案、工资福利、社会保险、出国（境）管理和文书档案管理工作；承担中心离退休人员的管理服务工作；承担中心离退休人员政治文化生活待遇保障工作；承担科研和教育培训管理工作；联络相关医疗机构和高校，推动科教融合有关工作；承担中心重点实验室、重点学科等科研平台组织管理工作；负责党的建设、群团组织建设、文明创建等工作。

三、财务科。组织制定财务收支计划、经费预算、决算和财务报表；承担中心财务管理和会计核算、收入、支出管理、收费、票据管理及专项资金管理；承担中心日常财务工作。

四、业务管理科（应急管理办公室）。承担疾控业务绩效考核评估与管理工作；承担疾病监测预警与大数据分析应用工作，对疫情报告进行业务指导；承担卫生应急风险评估与调查处置相关具体工作；承担健康聊城技术支撑工作。

五、总务与安全保卫科。承担中心安全保卫和基建管理工作；承担中心办公设备、办公用品、房产、餐厅等管理工作；承担中心安全生产管理、医疗垃圾废弃物和危险废物的集中处置管理工作。

六、设备与物资管理科（生物制品管理办公室）。承担中心仪器设备的管理工作；承担疫苗储存管理和冷链设备管理工作；承担实验室试剂耗材物资的管理工作；承担卫生应急物资和危险化学品的储存管理工作。